Pienso que es una iglesia muy antigua correspondiéndose con otro edificio que hay enfrente y del que sospechamos fuese el convento de los caballeros de Truxillo, de ser así está claro su nombre dedicado a la Vera Cruz muy típico en los caballeros cruzados. Bien podría remontarse su construcción como mínimo al siglo XII.

Durante más de un siglo y no sabemos la causa del error, ni quien lo inicio, las antiguas parroquias de la Vera Cruz y San Andrés han estado confundidas, a San Andrés le llamaban la Vera Cruz y viceversa, hoy las cosas en su sitio sabemos documentalmente que la iglesia junto a la Alberca que llamábamos San Andrés es la Vera Cruz y la del Cementerio que por cierto se llama de la Vera Cruz es la de San Andrés y ello resuelve varias contradicciones que no entendíamos. Habría que averiguar desde cuando se le conoce al Cementerio con el nombre de la Vera Cruz para saber la antigüedad del error.

Pocos fieles debían quedar en la Villa e 1776 cuando se inicia la solicitud de supresión en cuanto al oficio de la Parroquia de la Santa Vera Cruz, para que se dotasen con los diezmos de su Beneficio Curado tres nuevas parroquias que se pretendían erigir en los tres arrabales de Huertas de Ánimas, Belén y Huertas de la Magdalena. En 24 de marzo de 1795, por auto, se suprimió en cuanto al oficio la Parroquia de la Santa Vera Cruz, para erigir otra nueva en Huertas de Ánimas, señalando para dotación de su vicario perpetuo los diezmos de la Vera Cruz..

Carlos IV aprobó dicho auto por Real Cédula Auxiliatoria de 8 de septiembre de 1802. En 1803, el párroco de San Andrés D. Francisco Nogales, solicita traslado de su parroquia a la iglesia de la Vera Cruz. En 1805 se le concede licencia para celebrar en la suprimida Parroquia de la Vera Cruz.. El traslado del culto de San Andrés durante treinta y un años a la iglesia de la suprimida de la Vera Cruz motivaría un trueque de títulos parroquiales en la segunda mitad del siglo XIX, aún en estudio.

En 1836 el culto de la parroquia de San Andrés que se realizaba en la Vera Cruz se traslada a San Francisco. En 1882 se lleva a cabo la demarcación territorial de las cinco parroquias existente aún en Trujillo, con la novedad de que la Parroquia de San Andrés es trasladada desde la iglesia de San Francisco a Belén.

A Principios del siglo XX Acedo  dice de la iglesia de San Andrés, refiriéndose a la Vera Cruz, que conserva una capilla entierro de los condes de Altamirano, la memoria de Francisco de Loaisa y su mujer Doña Ana de Ulloa; la de Alonso González Carrasco, instituyendo una misa cantada todos los jueves al salir el Sol, y las memorias sepulcrales de María de Altamirano, mujer de García de Tapia, hija de Juan Alonso Altamirano; de Diego de Sanabria e Inés de Orellana; del honrado caballero Álvaro de Almaraz y su hija Doña Catalina; de Doña Beatriz de Paredes; de Ana González de Hinojosa y otras. Hay la tradición –termina Acedo- de que en el atrio de esta iglesia, bajo un álamo secular, que arrancaron, concertaron los Pizarro la importante expedición para la conquista del Perú.