Los Judíos tuvieron gran poderío en Trujillo y pienso que su necrópolis estaba donde después se hizo esta iglesia de Santo Domingo, salió una lápida bajo el nivel de la Capilla Mayor con inscripción hebrea (aunque denunciada, desapareció), y en el Castillo encontramos otra igual y recogida en la Escuela taller.

A finales de la Edad Media el barrio judío era la placita de los Orellana Toledo, calleja Gurría, Nueva, Tiendas, Carnicería... la sinagoga última estuvo entre estas calles, una inscripción en granito lo confirma. En 1290 se cita la aljama de Trujillo junto a la de Plasencia y Béjar. El racismo de 1492 los eliminó, la Sinagoga y casi toda la manzana pasa a las monjas de Santa Isabel antes de que estas se sumen a las de San Miguel, los dominicos de la Encarnación se quedaron con el cementerio judío y sus piedras donde en 1564 levantarían la nueva parroquia de Santo Domingo que atendería a los fieles de Las Huertas y San Clemente, judíos y moriscos conversos la mayoría.

En 1836 se traslada la parroquia de Santo Domingo a la de San Francisco comenzando su ruina definitiva, ruinas aun arruinándose más en nuestros tiempos, abierta de par en par y abandonada.