La iglesia de Santiago encierra el misterio de sus orígenes entre las claras y distintas formas de materiales empleados a lo largo de los tiempos, dimensiones y marcas de canteros.

Vemos en la reciente restauración de la iglesia un ábside semicircular de un románico primitivo con tres arranques de diferente conexión a la nave central, tres épocas.  Medio ábside está construido con sillería marcada, son los signos de los canteros cuya simbología nos fecha su construcción pues curiosamente coinciden las marcas de Santa María la Mayor y ambas con las de San Juan Bautista en Sernascelle en Portugal, en la ruta cisterciense de San Juan de Toruca entre Trancoso y Lamego, fechada a cincel en sus muros: "MCCX" año 1210 de la Era o el 1172 de nuestra cuenta. Estos canteros portugueses o sus hijos estarán en Trujillo en 1186 por cuenta de los freires pereiros de Don Gómez construyendo Santiago y Santa María.

Los freiles de Santiago tienen las Décimas de Trujillo y Medellín en 1189, por ello es posible que en este tiempo tuvieran levantada esta iglesia que al igual que Santa María está firmada con el peral y la cruz del Cister en la pila bautismal, el baptisterio de Santiago (actualmente en San Martín) esta firmado con la cruz de Santiago, prueba de su construcción santiaguista y paralela a la que hicieran otros freires mancomunados que dirigidos por el maestre del Pereiro don Gómez Fernández Barrientos se llamaron Orden de Truxillo que iniciaran la construcción de la basílica de Santa María.

El convento matriz del Pereiro estaba cerca de Piñel y Sesnarcelle, en la línea de la espiritualidad cisterciense y coincidente con el camino de Santiago por Braga, San Juan de Toruca, Pereiro, Monfragüe, Trujillo hacia Córdoba o Sevilla.

Tanto Santiago como el Pereiro, Montegaudio, Truxillo o el Templo estaban bajo la Regla del Cister.  Conocemos el paso de peregrinos copptos en el siglo XII desde Egipto a Compostela siguiendo esta ruta que igualmente hacían los mozárabes andaluces.

En 1196 Trujillo cayó en manos de al-Mansur y sus almohades hasta el 25 de Enero de 1232 que fue recuperada definitivamente al moro. Poco más de medio ábside con la mayor parte de la iglesia derruida quedaban en pie, al igual que Santa María, por ello al reconquistarse Trujillo (escribe Esteban de Tapia a finales del siglo XVI) la mezquita que había en el Castillo se convierte en iglesia de San Pablo y fue la primera parroquia que hubo en Trujillo.

El segundo nivel arqueológico de la iglesia nos lo marcan los sillares que llegan hasta la parte superior de las dos puertas y un rinconcillo en la cara Sur pegando al atrio, el resto es de mampostería. La sillería no tiene marcas de cantero aunque en la cara Norte aparece algún sillar reaprovechado. Es la restauración que se hace a lo largo del siglo XIII rematando el ábside y poniendo al crucero bóveda de cañón.

El primer dato histórico es del 18 de Julio de 1460 en una escritura donde vemos "ayuntados en Concejo dentro de la iglesia...", otra ayuntada en 1481. En 1533 se manda que se roce el cancho que hay delante de la puerta.  A finales del XV hacen varias reformas cubriendo el ábside en  crucería.

El obispo Pedro Ponce de León hizo en el XVI la sacristía, en 1556 Diego Alonso de Tapia y esposa María Loaisa hacen la capilla de su panteón familiar. En este siglo se debió hacer el acceso a la torre por la escalera de caracol hasta la ventana de Poniente.

En la torre estaba la campana del Concejo refundida en 1780.  En estos tiempos la Escuela Taller remozola e hizo buena limpia de abandonos, quitando el viejo y feo retablo donde hace dos siglos presidiera una talla de Santiago. Muy buena la gótica del Cristo de las Aguas que sacaban a hombros cuatro curas en tiempo seco: uno de los cuatro moría. Otra de la Virgen (románica) que se llevaron  a San Martín perteneció a los templarios de la Coronada que fue ermita anexa a Santiago, herencia lógica por los orígenes de esta parroquia cuando la O. de Santiago tenía las décimas de Trujillo en el año 1187 y sus pactos con el Temple.