Fue fundado con el nombre de convento de Santa Isabel por dos hermanas y biznietas de Luis de Chaves el Viejo, estas fueron doña María de Sotomayor y doña Juana Mexías, hijas de Juan Chaves y Francisca Rivadeneira.

La comunidad está dentro de la Tercera Orden Franciscana cuya patrona Santa Isabel de Hungría les dio nombre. Lo de San Pedro viene por haberse enclaustrado la viuda de Pedro de la Torre y aportar bienes procedentes de su marido al monasterio.

En 1836 la monjas fueron exclaustradas marchando a San Ildefonso de Plasencia de donde ya no volvieron. Las que ocuparon el convento fueron las ocho de San Francisco el Real de La Coria en 1851 donde destacó Sor Filomena Bustamante que llegó a ser madre abadesa, en 1860 se les hundía parte del edificio...

La comunidad lo ha ido restaurando y hoy sobreviven gracias al trabajo diario, a su clausura libertadora de mundanalidades egoístas y a sus rezos. Paz y bien a estas laboriosas mujeres.