A principios del siglo XVI una comunidad de frailes franciscanos Observantes se hospedaban en el viejo hospital del Espíritu Santo mientras conseguían que el papa Alejandro III les autorizara para edificar "en lugar conveniente y honesto de la dicha ciudad o su distrito, una casa con Iglesia, campanario humilde, campana, cementerio, claustro, dormitorio, huertos, hortalizas y otras necesarias oficinas para perpetuo uso y habitación de los frailes de dicha Orden".

Estos frailes se cargaron a sus oponentes del Capucho y a los que no observaban nada bien pues habían fundado el pequeño convento de Nuestra Señora de la Luz el 24 de mayo de 1500, dos años después fue suprimido y desmantelado por los Observantes trayéndose las imágenes de aquellos y por eso hoy se conserva la talla de la Virgen de la Luz en San Francisco.

Consiguieron la Bula Papal y los favores del Obispado y Ayuntamiento por la personal intervención de los Reyes católicos, el Concejo se convirtió en Patrón y les dieron una antigua mezquita y anejos donde prepararon la primera iglesia hasta que se acabase la nueva. Todo el siglo anduvieron enredados en obras. El 26 de Mayo de 1600 el Concejo decide inaugurar la nueva iglesia de San Francisco y que se traslade el Santísimo desde la vieja el domingo después del Corpus de este año de 1600.

En la primitiva iglesia estaban enterrados Hernando Pizarro y Francisca Pizarro Yupanqui, esposa y sobrina; también entra en lo posible estuvieran los restos del Padre de los Pizarro, Don Gonzalo, aunque otra teoría nos dice que está en las Jerónimas de Santa María Monja.

Fueron exclaustrados en 1836 los veinticinco últimos frailes que ya nunca volverían. En 1837 el convento era la cárcel que montaran el Juez de Primera Instancia y el Comandante de Armas de este cantón en 1852 lo quisieron convertir en escuela, en 1856 era casa de vecinos, en 1882 pertenecía el convento al conde de la Encina, el Obispado solamente consiguió la iglesia, en 1890 el Ayuntamiento compró al conde el edificio para entregárselo al Ministerio del Ejército.

En 1895 vienen los sementales militares instalando un depósito de caballos que fue triturado -dice Tena- por el desgobierno de la República de 1935. Hasta 1939 fue cuartel para las tropas en tránsito, volvió a manos del Ayuntamiento; en 1940 se instala allí un batallón de ingenieros hasta 1949 que vuelve a manos del municipio.

En 1950 se convierte en Instituto Laboral, primer centro de cultura social en aquellos tiempos y de donde salieron lanzados a la Universidad muchos trujillanos y comarcanos de las clases sociales inferiores, otros como este escribidor nos quedamos para contarlo.

Con el nuevo régimen democrático la vieja mezquita es Instituto de Bachillerato que al cambiarse a un nuevo edificio el viejo convento franciscano vuelve a pasar al Ayuntamiento...

Fue casa de cultura, radio municipal, base de Tope Ganso... convirtiendose al final en escuela taller y en esas andaba con su futuro un tanto turbio y movido, como siempre, aunque hoy en día ha resucitado en el mundo digital.

La iglesia de San Francisco tiene los cultos oficiales de Santa María la Mayor que es la cabeza parroquial aunque ha perdido la cabecera arcipestral a favor de San Martín.