Desconozco los orígenes de esta iglesia que fue parroquia de San Andrés, fue construida según Don Juan Tena en el siglo XIII, es de traza románica con una sola nave y entrada con portada de medio punto. El historiador Acedo, en su error de confundir San Andrés con la Vera Cruz, hay que hacerle caso en lo documental, dice que la parroquia de San Andrés fue fundada en 1518 y me parece lógico pues su románico es tardío, del XVI.

El Concejo trujillano en 1592 a 2 de octubre dice: "Cometiose a Hernando de Alarcón que, pues al presente está en esta ciudad el escultor de Plasencia y está mandado se haga una imagenl del bienaventurado San Andrés, abogado Patrón de esta Ciudad, que haga hacer la dicha imagen y la concierte con el dicho escultor y la haga dorar y poner en toda perfección para que esté acabada el día de San Andrés y lo concierne en lo menos que pudiere".

En 1803, el párroco de San Andrés D. Francisco Nogales, solicita traslado de su parroquia a la iglesia de la Vera Cruz. En 1805 se le concede licencia para celebrar en la suprimida Parroquia de la Vera Cruz.. El traslado del culto de San Andrés durante treinta y un años a la iglesia de la suprimida de la Vera Cruz, motivaría un trueque de títulos parroquiales en la segunda mitad del siglo XIX, aún en estudio; siendo realmente la Vera Cruz la ubicada junto a la Alberca y la de San Andrés los restos de la iglesia que se encuentran dentro de los muros del Cementerio.

En 1836 se trasladan las parroquias de Santo Domingo y la de San Andrés a las iglesias de los suprimidos conventos de San Miguel y de San Francisco, respectivamente.

En 1870 el Ayuntamiento termina la construcción del Cementerio Católico y dentro quedan los restos de la vieja iglesia parroquial de san Andrés.

En 1882 se lleva a cabo la demarcación territorial de las cinco parroquias existente aún en Trujillo, con la novedad de que la Parroquia de San Andrés es trasladada desde la iglesia de San Francisco a Belén en cuyo arrabal están los pocos documentos que hablan de esta parroquia y un cuadro del Santo.

Aquí estuvo desde 1890 la estatua orante en granito de Hernando Pizarro traída por el marqués de la Conquista Don Jacinto Orellana.